当下正值蔡英文执政前夕，台湾经济、两岸关系和“九二共识”已经令蔡英文不知如何应对，日本却在这一敏感时刻扣船扣人，“苦苦相逼”。
“这是因为日本已经吃定民进党了。”台湾政治大学学者张亚中26日接受《环球时报》记者采访时分析说，日本已判断民进党政府极可能与大陆关系紧张，不可能和大陆一起合作护渔，可以说与日本的渔业竞争中台湾已经孤立。日本“可不是吃素的”，必然会抓住机会对台施压，日本政府在国内肯定也会面对渔民、地方政府的压力。张亚中认为，蔡英文已经表示将亲近日本，而亲日就必然会付出代价，这是肯定的，所以民进党对日本“膝盖发软”、不敢讲话就不足为怪了，“可以肯定，此次日本在这片海域抓扣台湾渔民只是一个开始，未来会层出不穷”。
法国国际广播电台报道此次渔船事件时说，3年前台日签署渔业协议，之后钓鱼岛附近的捕渔纠纷逐渐平息，但现在日本却首度挑衅，抓扣台湾渔船。
2013年4月，台日签署渔业协议。今年4月，台日渔业协议签署3周年之际，马英九在其脸谱账号上撰文称，该协议解决了台日将近40年的捕鱼争议，得到岛内外一致赞许，是一个平等互惠的协议，“没有任何一方感到丧权辱国或委屈”，“大概只有鱼不满意，因为它们牺牲甚多”。
台湾琉球区渔会总干事蔡宝兴25日接受香港中评社采访时说，马政府任内的台日渔业协议为何可以签成？我们都知道因为中国大陆及钓鱼岛的因素介入！过去日本跟我们谈了17次都谈不拢，后来才谈成的原因就是这个。蔡宝兴在渔会服务超过35年，曾参与台菲、台日等渔业谈判。他说，2016年年初台湾“大选”后，他随同赴日本冲绳进行台日渔业问题谈判，参与谈判的人都感觉，日方的谈判调子拉得很高，好像要把“让给”台湾的渔权都拿回去。
据台媒报道，针对台湾渔船“东圣吉16号”在冲之鸟礁附近公海作业，遭日本公务船扣押并强索176万元赎金，马英九指示全力护渔。“海巡署”、“渔业署”29日证实，护渔第1枪，将共同派出巡护船，5月1日从高雄港出发，前往冲之鸟礁附近公海执行联合巡护任务，捍卫渔民权益。
“海巡署”29日表示，“海巡署”与“农委会”将共同派船从高雄港出发，“海巡署长”王崇仪表示，这次护渔任务将长达20至30天，落实“渔民在哪、海巡就在哪”政策，以保障台湾渔民作业权益与安全。
出动千吨级巡护船
“农委会”副主委沙志一29日也证实，“农委会”将派出“渔训贰号船”，与执行护渔任务的“巡护九号船”共同出海，赴冲之鸟礁附近公海巡护。据了解，1000吨级的“巡护九号船”于2013年加入护渔行列，船上配有20机炮与喷水枪。
沙志一指出，冲之鸟礁周边水域是在中西太平洋渔业委员会（WCPFC）规范登检水域，每年7、8月“海巡署”会出海登检各国渔船，“农委会”则派登检员随行，曾登检过美国、日本渔船。今年不排除着重在冲之鸟礁周边水域，执行国际渔业组织规范的登检工作。
礁岩无经济海域
“海巡署”指出，冲之鸟礁距台湾鹅銮鼻约860海里，日本为扩大该国专属经济海域范围，径自主张冲之鸟礁具有200海里专属经济海域，并扣押台湾渔船。依《联合国海洋法公约》第121条第3款规定，不能维持人类居住或其本身经济生活的岩礁，不应有专属经济区或大陆礁层，政府认为冲之鸟礁仅为岩礁，不是岛屿，不能主张专属经济海域。
“海巡署”强调，政府认为“冲之鸟礁”12海里外海域属公海范围，依《联合国海洋法公约》第87条规定，主张公海捕鱼自由，日本无权在该海域取缔台湾作业渔船，政府将坚决捍卫渔民拥有公海捕鱼之自由权利。
举报成功