1939年4月，汪精卫在躲过军统特工的刺杀后，从河内秘密回到上海，不断地与日寇策划筹备，加速了组织伪政权的步伐。日本特务机关也加紧在沦陷区建立特工组织，1939年3月，日本军部代表土肥原贤二及日本大本营陆军部军务课长影佐祯昭网罗丁默邨、李士群在上海极斯菲尔路(今万航渡路)76号建立了直属日本大本营指挥的特务机关(后划归日本在上海的特务机关----“梅”)，9月，汪伪召开伪国民党6届1中全会后，该特工组织又划归汪伪政府，全称“中国国民党中央执行委员会特务委员会特工总部”。
汪伪特工总部成立后，不断分化、策反、侦破沦陷区的军统特工组织，一些军统特工人员或受汪伪“和平救国”宣传所迷惑，或因被捕后意志不坚定等种种原因，投靠汪伪特工总部。如在锄奸行动中屡立战功的王天木、陈明楚、陈恭澍等。
特工的锄奸刺杀行动不同于炮火连天的正面战场上的拼死搏杀，很多都是面对面进行的，所用的手段也多为近距离枪击，刀劈、斧剁等，场面血腥(如刺杀傅筱庵，1940年10月12日重庆《大公报》的报道，傅被砍三刀“一在眼部，一在下颏，一在颈部，尤以颈部伤势最重，头颅几将割断”)，更何况刺杀的对象有的是以前的同事、朋友，行动队员承受着极大的心理压力。而玩弄“以华制华”伎俩的日本人却躲在幕后遥控指挥。沦陷区军统特工人员纷纷要求在制裁汉奸的同时，诛杀日本人。首先军统上海区制定了一个方案：以身着军服的日本人为格杀对象，无论军阶高低，职务大小，无须申报，得手就当场干掉，执行地点以日占区及其势力范围之内为限。该方案于1940年上报戴笠并得到批准。
1940年9月底，惩戒日寇行动开始。
素有“九省通衢”美誉的武汉，自1938年10月沦陷以后，因其贯通东西南北优越的交通地理位置，一直是日寇重点控制地区之一。1940年底，军统武汉区特工根据戴笠指示，把行动重点转向对日寇的刺杀。武汉区军统特工充分发挥自身的优势，在选择好目标后进行周密的准备计划。1940年12月16日，行动二队策划对驻蔡甸日军警备队的袭击，14日副队长即派3名行动队员潜伏在警备队附近的昶记油坊，16日凌晨，伪装成商人的队员李崧荪及随行两名队员进入蔡甸街口后，将3名强行检查的日寇哨兵击毙，随即会合潜伏队员向日寇警备队队部投掷手榴弹，炸死日寇官兵8名，行动队员全身而退。16日晚，行动1队赵云卿率队员何忠炳、雷玉卿潜入武昌八铺街日本宪兵队驻地，待日寇熄灯休息后，向寝室投掷手榴弹，日寇仓皇逃出时，遭到隐蔽于暗处的赵云卿扫射，共击毙日寇8名，队员全身撤出。1941年1月21日，汉口花楼街，行动2队队员用刀砍死日军少佐田梅次郎。2月18日，汉口得胜街，该队杀死3名在随军妓院“鹤鸣庄”寻欢作乐的日寇军官。3月2日，该队李化民等3人化装成小贩，混入汉口中山路新市场，向正在行进的日军小队投弹，毙敌17名。2月25日晚，行动1队阎英才率5名队员突袭汉口三星街日寇宪兵队，毙敌7名。4月16日，该队在汉阳显正街击毙日寇特务机关植树岩藏中佐。1941年4月19日，该队打入汉口王家墩机场的队员王经国掩护队员李青明进入机场，烧毁油库一座，炸毁轰炸机2架。
组织遭受严重破坏的军统上海区，自1940年9月到太平洋战争爆发前，仍行动50余次，击毙击伤日军60人以上。军统上海区第3行动大队第4组组长李亮经过缜密跟踪侦查，于1941年6月17日由副组长叶东山率李德昌、周振芳、俞森林、杨景文将公共租界警务处副总监赤木亲之击毙于愚园路。在日本军人经常出入的场所，上海军统特工进行了多次爆炸活动。
1939年8月11日，军统广州站发展了在驻广州白云山日军海军陆战队第115联队近田部队作厨役的李昌德，将准备好的毒药掺入饭菜，使日寇官兵数十人中毒，19人毙命，李昌德还趁乱将硝酸倒入机枪枪管，随后逃出敌营。1941年9月17日，军统广州站为纪念9.18事变10周年，在多个地点，对日寇军事机关和伪组织机关进行爆破，撤离至海珠中路时，第3组组长江志强路遇日本宪兵队，当日寇走近身边时，江志强将剩余炸弹引爆，与5名日本宪兵同归于尽。
开封沦陷后，潜伏的军统特工根据戴笠的指示，于1940年5月7日，河南站行动1组与打入日寇内部的特工李宪斌里应外合，袭击位于开封山货店街的日本特务机关，击毙日特机关长及川贞作、山本午、开封日本宪兵队分队长上村四郎，击伤日本陆军特务机关长万田。12月19日，行动组在开封社下基79号，击毙主持日本特务机关的日军多田部队参谋长兼伪河南绥署总顾问、陆军大佐皆川雅雄。
1940年11月，军统北平区行动组组长麻克，击毙日本“兴亚院”派遣到北平视察的特使高月保中佐、乘兼悦郎中佐。后麻克因房东出卖，被捕牺牲。
沦陷区军统特工格杀日寇的行动，虽然没有正面战场那种轰轰烈烈，但他们在严酷的斗争环境里，满怀对中华民族的热爱，对日本侵略者的仇恨，不顾个人安危，奋勇杀敌，他们用自己的勇气和鲜血，书写了中华民族抗战史上光辉灿烂的一页。
